libmove3d
3.13.0
|
00001 #ifndef ATOM_H 00002 #define ATOM_H 00003 00004 // atom indices (BCD order) 00005 // NOTE 1 : BKBs, ILE_sch, LEU_sch, VAL_sch have different order in .p3d file !!! 00006 00007 // NOTE 2 : H' are included in the model. Each enumeration contains H' if they exist. 00008 // BE CAREFULL ! the number of atoms must not take them in account ! 00009 00010 // backbone 00011 00012 # define N_GEN_BKB_ATOMS 6 00013 typedef enum { 00014 gen_C, gen_O, gen_CA, gen_CB, gen_N, gen_OXT 00015 } gen_bkb_atoms; 00016 00017 # define N_GENH_BKB_ATOMS 7 00018 typedef enum { 00019 genH_C, genH_O, genH_CA, genH_HA, genH_CB, genH_N, 00020 genH_OXT 00021 } genH_bkb_atoms; 00022 00023 # define N_GLY_BKB_ATOMS 5 00024 typedef enum { 00025 GLY_C, GLY_O, GLY_CA, GLY_N, GLY_OXT 00026 } GLY_bkb_atoms; 00027 00028 # define N_GLYH_BKB_ATOMS 7 00029 typedef enum { 00030 GLYH_C, GLYH_O, GLYH_CA, GLYH_1HA, GLYH_2HA, GLYH_N, 00031 GLYH_OXT 00032 } GLYH_bkb_atoms; 00033 00034 # define N_PRO_BKB_ATOMS 8 00035 typedef enum PRO_bkb_atoms { 00036 PRO_C, PRO_O, PRO_CA, PRO_CB, PRO_CG, PRO_CD, PRO_N, 00037 PRO_OXT 00038 } PRO_bkb_atoms; 00039 00040 # define N_PROH_BKB_ATOMS 15 00041 typedef enum { 00042 PROH_C, PROH_O, PROH_CA, PROH_HA, PROH_CB, PROH_N, PROH_1HB, PROH_2HB, 00043 PROH_CG, PROH_1HG, PROH_2HG, PROH_CD, PROH_1HD, PROH_2HD, PROH_OXT 00044 } PROH_bkb_atoms; 00045 00046 // side-chains 00047 00048 # define N_ALA_SCH_ATOMS 0 00049 # define N_ALAH_SCH_ATOMS 3 00050 typedef enum { 00051 ALAH_1HB, ALAH_2HB, ALAH_3HB 00052 } ALAH_sch_atoms; 00053 00054 # define N_ARG_SCH_ATOMS 6 00055 typedef enum { 00056 ARG_CG, ARG_CD, ARG_NE, ARG_CZ, ARG_NH1, ARG_NH2 00057 } ARG_sch_atoms; 00058 00059 # define N_ARGH_SCH_ATOMS 12 00060 typedef enum { 00061 ARGH_1HB, ARGH_2HB, ARGH_CG, ARGH_1HG, ARGH_2HG, ARGH_CD, ARGH_1HD, ARGH_2HD, ARGH_NE, ARGH_CZ, ARGH_NH1, ARGH_NH2 00062 } ARGH_sch_atoms ; 00063 00064 00065 # define N_ASN_SCH_ATOMS 3 00066 typedef enum { 00067 ASN_CG, ASN_OD1, ASN_ND2 00068 } ASN_sch_atoms; 00069 00070 # define N_ASNH_SCH_ATOMS 5 00071 typedef enum { 00072 ASNH_1HB, ASNH_2HB, ASNH_CG, ASNH_OD1, ASNH_ND2 00073 } ASNH_sch_atoms; 00074 00075 # define N_ASP_SCH_ATOMS 3 00076 typedef enum { 00077 ASP_CG, ASP_OD1, ASP_OD2 00078 } ASP_sch_atoms; 00079 00080 # define N_ASPH_SCH_ATOMS 5 00081 typedef enum { 00082 ASPH_1HB, ASPH_2HB, ASPH_CG, ASPH_OD1, ASPH_OD2 00083 } ASPH_sch_atoms; 00084 00085 # define N_CYS_SCH_ATOMS 1 00086 typedef enum { 00087 CYS_SG 00088 } CYS_sch_atoms; 00089 00090 # define N_CYSH_SCH_ATOMS 3 00091 typedef enum { 00092 CYSH_1HB, CYSH_2HB, CYSH_SG 00093 } CYSH_sch_atoms; 00094 00095 # define N_GLN_SCH_ATOMS 4 00096 typedef enum { 00097 GLN_CG, GLN_CD, GLN_OE1, GLN_NE2 00098 } GLN_sch_atoms; 00099 00100 # define N_GLNH_SCH_ATOMS 8 00101 typedef enum { 00102 GLNH_1HB, GLNH_2HB, GLNH_CG, GLNH_1HG, GLNH_2HG, GLNH_CD, GLNH_OE1, GLNH_NE2 00103 } GLNH_sch_atoms; 00104 00105 # define N_GLU_SCH_ATOMS 4 00106 typedef enum { 00107 GLU_CG, GLU_CD, GLU_OE1, GLU_OE2 00108 } GLU_sch_atoms; 00109 00110 # define N_GLUH_SCH_ATOMS 8 00111 typedef enum { 00112 GLUH_1HB, GLUH_2HB, GLUH_CG, GLUH_1HG, GLUH_2HG, GLUH_CD, GLUH_OE1, GLUH_OE2 00113 } GLUH_sch_atoms; 00114 00115 # define N_GLY_SCH_ATOMS 0 00116 # define N_GLYH_SCH_ATOMS 0 00117 // GLY : no side-chain 00118 00119 # define N_HIS_SCH_ATOMS 5 00120 typedef enum { 00121 HIS_CG, HIS_ND1, HIS_CD2, HIS_CE1, HIS_NE2 00122 } HIS_sch_atoms; 00123 00124 # define N_HISH_SCH_ATOMS 9 00125 typedef enum { 00126 HISH_1HB, HISH_2HB, HISH_CG, HISH_ND1, HISH_CD2, HISH_HD2, HISH_CE1, HISH_HE1, HISH_NE2 00127 } HISH_sch_atoms; 00128 00129 # define N_ILE_SCH_ATOMS 3 00130 typedef enum { 00131 ILE_CG2, ILE_CG1, ILE_CD1 00132 } ILE_sch_atoms; 00133 00134 # define N_ILEH_SCH_ATOMS 12 00135 typedef enum { 00136 ILEH_CG2, ILEH_HB, ILEH_CG1, ILEH_1HG1, ILEH_2HG1, ILEH_CD1, 00137 ILEH_1HG2, ILEH_2HG2, ILEH_3HG2, ILEH_1HD1, ILEH_2HD1, ILEH_3HD1 00138 } ILEH_sch_atoms; 00139 00140 # define N_LEU_SCH_ATOMS 3 00141 typedef enum { 00142 LEU_CG, LEU_CD1, LEU_CD2 00143 } LEU_sch_atoms; 00144 00145 # define N_LEUH_SCH_ATOMS 12 00146 typedef enum { 00147 LEUH_1HB, LEUH_2HB, LEUH_CG, LEUH_HG, LEUH_CD1, LEUH_CD2, 00148 LEUH_1HD1, LEUH_2HD1, LEUH_3HD1, LEUH_1HD2, LEUH_2HD2, LEUH_3HD2 00149 } LEUH_sch_atoms; 00150 00151 # define N_LYS_SCH_ATOMS 4 00152 typedef enum { 00153 LYS_CG, LYS_CD, LYS_CE, LYS_NZ 00154 } LYS_sch_atoms; 00155 00156 # define N_LYSH_SCH_ATOMS 12 00157 typedef enum { 00158 LYSH_1HB, LYSH_2HB, LYSH_CG, LYSH_1HG, LYSH_2HG, LYSH_CD, LYSH_1HD, LYSH_2HD, 00159 LYSH_CE, LYSH_1HE, LYSH_2HE, LYSH_NZ, 00160 } LYSH_sch_atoms; 00161 00162 00163 00164 # define N_MET_SCH_ATOMS 3 00165 typedef enum { 00166 MET_CG, MET_SD, MET_CE 00167 } MET_sch_atoms; 00168 00169 # define N_METH_SCH_ATOMS 10 00170 typedef enum { 00171 METH_1HB, METH_2HB, METH_CG, METH_1HG, METH_2HG, METH_SD, METH_CE, METH_1HE, METH_2HE, METH_3HE 00172 } METH_sch_atoms; 00173 00174 # define N_PHE_SCH_ATOMS 6 00175 typedef enum { 00176 PHE_CG, PHE_CD1, PHE_CD2, PHE_CE1, PHE_CE2, PHE_CZ 00177 } PHE_sch_atoms; 00178 00179 # define N_PHEH_SCH_ATOMS 13 00180 typedef enum { 00181 PHEH_1HB, PHEH_2HB, PHEH_CG, PHEH_CD1, PHEH_CD2, PHEH_HD1, PHEH_HD2, 00182 PHEH_CE1, PHEH_CE2, PHEH_CZ, PHEH_HE1, PHEH_HE2, PHEH_HZ 00183 } PHEH_sch_atoms; 00184 00185 # define N_PRO_SCH_ATOMS 0 00186 # define N_PROH_SCH_ATOMS 0 00187 // PRO : no side-chain 00188 00189 # define N_SER_SCH_ATOMS 1 00190 typedef enum { 00191 SER_OG 00192 } SER_sch_atoms; 00193 00194 # define N_SERH_SCH_ATOMS 3 00195 typedef enum { 00196 SERH_1HB, SERH_2HB, SERH_OG 00197 } SERH_sch_atoms; 00198 00199 # define N_THR_SCH_ATOMS 2 00200 typedef enum { 00201 THR_OG1, THR_CG2 00202 } THR_sch_atoms; 00203 00204 # define N_THRH_SCH_ATOMS 6 00205 typedef enum { 00206 THRH_HB, THRH_OG1, THRH_CG2, THRH_1HG2, THRH_2HG2, THRH_3HG2 00207 } THRH_sch_atoms; 00208 00209 # define N_TRP_SCH_ATOMS 9 00210 typedef enum { 00211 TRP_CG, TRP_CD1, TRP_CD2, TRP_NE1, TRP_CE2, TRP_CE3, TRP_CZ2, TRP_CZ3, TRP_CH2 00212 } TRP_sch_atoms; 00213 00214 # define N_TRPH_SCH_ATOMS 16 00215 typedef enum { 00216 TRPH_1HB, TRPH_2HB, TRPH_CG, TRPH_CD1, TRPH_CD2, TRPH_HD1, TRPH_NE1, TRPH_CE2, TRPH_CE3, TRPH_HE3, 00217 TRPH_CZ2, TRPH_HZ2, TRPH_CZ3, TRPH_HZ3, TRPH_CH2, TRPH_HH2 00218 } TRPH_sch_atoms; 00219 00220 # define N_TYR_SCH_ATOMS 7 00221 typedef enum { 00222 TYR_CG, TYR_CD1, TYR_CD2, TYR_CE1, TYR_CE2, TYR_CZ, TYR_OH 00223 } TYR_sch_atoms; 00224 00225 # define N_TYRH_SCH_ATOMS 13 00226 typedef enum { 00227 TYRH_1HB, TYRH_2HB, TYRH_CG, TYRH_CD1, TYRH_CD2, TYRH_CE1, TYRH_CE2, 00228 TYRH_HD1, TYRH_HD2, TYRH_HE1, TYRH_HE2, TYRH_CZ, TYRH_OH 00229 } TYRH_sch_atoms; 00230 00231 # define N_VAL_SCH_ATOMS 2 00232 typedef enum { 00233 VAL_CG1, VAL_CG2 00234 } VAL_sch_atoms; 00235 00236 # define N_VALH_SCH_ATOMS 9 00237 typedef enum { 00238 VALH_HB, VALH_CG1, VALH_CG2, VALH_1HG1, VALH_2HG1, VALH_3HG1, VALH_1HG2, VALH_2HG2, VALH_3HG2 00239 } VALH_sch_atoms; 00240 00241 /********************************************************************/ 00242 00243 // AMBER TYPES 00244 00245 // NO AMBER TYPE : !!! must be greater than maximal AMB_N 00246 #define AMB_NONE 10000 00247 00248 00249 #define AMB_N_GENH_BKB_ATOMS 7 00250 00251 00252 #define AMB_N_GLYH_BKB_ATOMS 7 00253 #define AMB_N_GLYH_SCH_ATOMS 0 00254 typedef enum { 00255 AMB_GLYH_N, 00256 AMB_GLYH_H, 00257 AMB_GLYH_CA, 00258 AMB_GLYH_2HA, 00259 AMB_GLYH_3HA, 00260 AMB_GLYH_C, 00261 AMB_GLYH_O, 00262 AMB_GLYH_OXT 00263 } AMB_GLYH_atoms; 00264 00265 00266 #define AMB_N_PROH_BKB_ATOMS 14 00267 #define AMB_N_PROH_SCH_ATOMS 0 00268 typedef enum { 00269 AMB_PROH_N, 00270 AMB_PROH_CD, 00271 AMB_PROH_2HD, 00272 AMB_PROH_3HD, 00273 AMB_PROH_CG, 00274 AMB_PROH_2HG, 00275 AMB_PROH_3HG, 00276 AMB_PROH_CB, 00277 AMB_PROH_2HB, 00278 AMB_PROH_3HB, 00279 AMB_PROH_CA, 00280 AMB_PROH_HA, 00281 AMB_PROH_C, 00282 AMB_PROH_O, 00283 AMB_PROH_OXT 00284 } AMB_PROH_atoms; 00285 00286 #define AMB_N_ALAH_SCH_ATOMS 3 00287 typedef enum { 00288 AMB_ALAH_N, 00289 AMB_ALAH_H, 00290 AMB_ALAH_CA, 00291 AMB_ALAH_HA, 00292 AMB_ALAH_CB, 00293 AMB_ALAH_1HB, 00294 AMB_ALAH_2HB, 00295 AMB_ALAH_3HB, 00296 AMB_ALAH_C, 00297 AMB_ALAH_O, 00298 AMB_ALAH_OXT 00299 } AMB_ALAH_atoms; 00300 00301 00302 #define AMB_N_ARGH_SCH_ATOMS 17 00303 typedef enum { 00304 AMB_ARGH_N, 00305 AMB_ARGH_H, 00306 AMB_ARGH_CA, 00307 AMB_ARGH_HA, 00308 AMB_ARGH_CB, 00309 AMB_ARGH_2HB, 00310 AMB_ARGH_3HB, 00311 AMB_ARGH_CG, 00312 AMB_ARGH_2HG, 00313 AMB_ARGH_3HG, 00314 AMB_ARGH_CD, 00315 AMB_ARGH_2HD, 00316 AMB_ARGH_3HD, 00317 AMB_ARGH_NE, 00318 AMB_ARGH_HE, 00319 AMB_ARGH_CZ, 00320 AMB_ARGH_NH1, 00321 AMB_ARGH_1HH1, 00322 AMB_ARGH_2HH1, 00323 AMB_ARGH_NH2, 00324 AMB_ARGH_1HH2, 00325 AMB_ARGH_2HH2, 00326 AMB_ARGH_C, 00327 AMB_ARGH_O, 00328 AMB_ARGH_OXT 00329 } AMB_ARGH_atoms ; 00330 00331 00332 #define AMB_N_ASNH_SCH_ATOMS 7 00333 typedef enum { 00334 AMB_ASNH_N, 00335 AMB_ASNH_H, 00336 AMB_ASNH_CA, 00337 AMB_ASNH_HA, 00338 AMB_ASNH_CB, 00339 AMB_ASNH_2HB, 00340 AMB_ASNH_3HB, 00341 AMB_ASNH_CG, 00342 AMB_ASNH_OD1, 00343 AMB_ASNH_ND2, 00344 AMB_ASNH_1HD2, 00345 AMB_ASNH_2HD2, 00346 AMB_ASNH_C, 00347 AMB_ASNH_O, 00348 AMB_ASNH_OXT 00349 } AMB_ASNH_atoms; 00350 00351 00352 #define AMB_N_ASPH_SCH_ATOMS 5 00353 typedef enum { 00354 AMB_ASPH_N, 00355 AMB_ASPH_H, 00356 AMB_ASPH_CA, 00357 AMB_ASPH_HA, 00358 AMB_ASPH_CB, 00359 AMB_ASPH_2HB, 00360 AMB_ASPH_3HB, 00361 AMB_ASPH_CG, 00362 AMB_ASPH_OD1, 00363 AMB_ASPH_OD2, 00364 AMB_ASPH_C, 00365 AMB_ASPH_O, 00366 AMB_ASPH_OXT 00367 } AMB_ASPH_atoms; 00368 00369 #define AMB_N_ASHH_SCH_ATOMS 6 00370 typedef enum { 00371 AMB_ASHH_N, 00372 AMB_ASHH_H, 00373 AMB_ASHH_CA, 00374 AMB_ASHH_HA, 00375 AMB_ASHH_CB, 00376 AMB_ASHH_2HB, 00377 AMB_ASHH_3HB, 00378 AMB_ASHH_CG, 00379 AMB_ASHH_OD1, 00380 AMB_ASHH_OD2, 00381 AMB_ASHH_HD2, 00382 AMB_ASHH_C, 00383 AMB_ASHH_O, 00384 AMB_ASHH_OXT 00385 } AMB_ASHH_atoms; 00386 00387 00388 #define AMB_N_CYSH_SCH_ATOMS 4 00389 typedef enum { 00390 AMB_CYSH_N, 00391 AMB_CYSH_H, 00392 AMB_CYSH_CA, 00393 AMB_CYSH_HA, 00394 AMB_CYSH_CB, 00395 AMB_CYSH_2HB, 00396 AMB_CYSH_3HB, 00397 AMB_CYSH_SG, 00398 AMB_CYSH_HG, 00399 AMB_CYSH_C, 00400 AMB_CYSH_O, 00401 AMB_CYSH_OXT 00402 } AMB_CYSH_atoms; 00403 00404 00405 #define AMB_N_GLNH_SCH_ATOMS 10 00406 typedef enum { 00407 AMB_GLNH_N, 00408 AMB_GLNH_H, 00409 AMB_GLNH_CA, 00410 AMB_GLNH_HA, 00411 AMB_GLNH_CB, 00412 AMB_GLNH_2HB, 00413 AMB_GLNH_3HB, 00414 AMB_GLNH_CG, 00415 AMB_GLNH_2HG, 00416 AMB_GLNH_3HG, 00417 AMB_GLNH_CD, 00418 AMB_GLNH_OE1, 00419 AMB_GLNH_NE2, 00420 AMB_GLNH_1HE2, 00421 AMB_GLNH_2HE2, 00422 AMB_GLNH_C, 00423 AMB_GLNH_O, 00424 AMB_GLNH_OXT 00425 } AMB_GLNH_atoms; 00426 00427 00428 #define AMB_N_GLUH_SCH_ATOMS 8 00429 typedef enum { 00430 AMB_GLUH_N, 00431 AMB_GLUH_H, 00432 AMB_GLUH_CA, 00433 AMB_GLUH_HA, 00434 AMB_GLUH_CB, 00435 AMB_GLUH_2HB, 00436 AMB_GLUH_3HB, 00437 AMB_GLUH_CG, 00438 AMB_GLUH_2HG, 00439 AMB_GLUH_3HG, 00440 AMB_GLUH_CD, 00441 AMB_GLUH_OE1, 00442 AMB_GLUH_OE2, 00443 AMB_GLUH_C, 00444 AMB_GLUH_O, 00445 AMB_GLUH_OXT 00446 } AMB_GLUH_atoms; 00447 00448 #define AMB_N_GLHH_SCH_ATOMS 9 00449 typedef enum { 00450 AMB_GLHH_N, 00451 AMB_GLHH_H, 00452 AMB_GLHH_CA, 00453 AMB_GLHH_HA, 00454 AMB_GLHH_CB, 00455 AMB_GLHH_2HB, 00456 AMB_GLHH_3HB, 00457 AMB_GLHH_CG, 00458 AMB_GLHH_2HG, 00459 AMB_GLHH_3HG, 00460 AMB_GLHH_CD, 00461 AMB_GLHH_OE1, 00462 AMB_GLHH_OE2, 00463 AMB_GLHH_HE2, 00464 AMB_GLHH_C, 00465 AMB_GLHH_O, 00466 AMB_GLHH_OXT 00467 } AMB_GLHH_atoms; 00468 00469 #define AMB_N_HIPH_SCH_ATOMS 11 00470 typedef enum { 00471 AMB_HIPH_N, 00472 AMB_HIPH_H, 00473 AMB_HIPH_CA, 00474 AMB_HIPH_HA, 00475 AMB_HIPH_CB, 00476 AMB_HIPH_2HB, 00477 AMB_HIPH_3HB, 00478 AMB_HIPH_CG, 00479 AMB_HIPH_ND1, 00480 AMB_HIPH_HD1, 00481 AMB_HIPH_CE1, 00482 AMB_HIPH_HE1, 00483 AMB_HIPH_NE2, 00484 AMB_HIPH_HE2, 00485 AMB_HIPH_CD2, 00486 AMB_HIPH_HD2, 00487 AMB_HIPH_C, 00488 AMB_HIPH_O, 00489 AMB_HIPH_OXT 00490 } AMB_HIPH_atoms; 00491 00492 #define AMB_N_HIEH_SCH_ATOMS 10 00493 typedef enum { 00494 AMB_HIEH_N, 00495 AMB_HIEH_H, 00496 AMB_HIEH_CA, 00497 AMB_HIEH_HA, 00498 AMB_HIEH_CB, 00499 AMB_HIEH_2HB, 00500 AMB_HIEH_3HB, 00501 AMB_HIEH_CG, 00502 AMB_HIEH_ND1, 00503 AMB_HIEH_CE1, 00504 AMB_HIEH_HE1, 00505 AMB_HIEH_NE2, 00506 AMB_HIEH_HE2, 00507 AMB_HIEH_CD2, 00508 AMB_HIEH_HD2, 00509 AMB_HIEH_C, 00510 AMB_HIEH_O, 00511 AMB_HIEH_OXT 00512 } AMB_HIEH_atoms; 00513 00514 #define AMB_N_HIDH_SCH_ATOMS 10 00515 typedef enum { 00516 AMB_HIDH_N, 00517 AMB_HIDH_H, 00518 AMB_HIDH_CA, 00519 AMB_HIDH_HA, 00520 AMB_HIDH_CB, 00521 AMB_HIDH_2HB, 00522 AMB_HIDH_3HB, 00523 AMB_HIDH_CG, 00524 AMB_HIDH_ND1, 00525 AMB_HIDH_HD1, 00526 AMB_HIDH_CE1, 00527 AMB_HIDH_HE1, 00528 AMB_HIDH_NE2, 00529 AMB_HIDH_CD2, 00530 AMB_HIDH_HD2, 00531 AMB_HIDH_C, 00532 AMB_HIDH_O, 00533 AMB_HIDH_OXT 00534 } AMB_HIDH_atoms; 00535 00536 #define AMB_N_ILEH_SCH_ATOMS 12 00537 typedef enum { 00538 AMB_ILEH_N, 00539 AMB_ILEH_H, 00540 AMB_ILEH_CA, 00541 AMB_ILEH_HA, 00542 AMB_ILEH_CB, 00543 AMB_ILEH_HB, 00544 AMB_ILEH_CG2, 00545 AMB_ILEH_1HG2, 00546 AMB_ILEH_2HG2, 00547 AMB_ILEH_3HG2, 00548 AMB_ILEH_CG1, 00549 AMB_ILEH_2HG1, 00550 AMB_ILEH_3HG1, 00551 AMB_ILEH_CD1, 00552 AMB_ILEH_1HD1, 00553 AMB_ILEH_2HD1, 00554 AMB_ILEH_3HD1, 00555 AMB_ILEH_C, 00556 AMB_ILEH_O, 00557 AMB_ILEH_OXT 00558 } AMB_ILEH_atoms; 00559 00560 00561 #define AMB_N_LEUH_SCH_ATOMS 12 00562 typedef enum { 00563 AMB_LEUH_N, 00564 AMB_LEUH_H, 00565 AMB_LEUH_CA, 00566 AMB_LEUH_HA, 00567 AMB_LEUH_CB, 00568 AMB_LEUH_1HB, 00569 AMB_LEUH_2HB, 00570 AMB_LEUH_CG, 00571 AMB_LEUH_HG, 00572 AMB_LEUH_CD1, 00573 AMB_LEUH_1HD1, 00574 AMB_LEUH_2HD1, 00575 AMB_LEUH_3HD1, 00576 AMB_LEUH_CD2, 00577 AMB_LEUH_1HD2, 00578 AMB_LEUH_2HD2, 00579 AMB_LEUH_3HD2, 00580 AMB_LEUH_C, 00581 AMB_LEUH_O, 00582 AMB_LEUH_OXT 00583 } AMB_LEUH_atoms; 00584 00585 00586 #define AMB_N_LYSH_SCH_ATOMS 15 00587 typedef enum { 00588 AMB_LYSH_N, 00589 AMB_LYSH_H, 00590 AMB_LYSH_CA, 00591 AMB_LYSH_HA, 00592 AMB_LYSH_CB, 00593 AMB_LYSH_2HB, 00594 AMB_LYSH_3HB, 00595 AMB_LYSH_CG, 00596 AMB_LYSH_2HG, 00597 AMB_LYSH_3HG, 00598 AMB_LYSH_CD, 00599 AMB_LYSH_2HD, 00600 AMB_LYSH_3HD, 00601 AMB_LYSH_CE, 00602 AMB_LYSH_2HE, 00603 AMB_LYSH_3HE, 00604 AMB_LYSH_NZ, 00605 AMB_LYSH_1HZ, 00606 AMB_LYSH_2HZ, 00607 AMB_LYSH_3HZ, 00608 AMB_LYSH_C, 00609 AMB_LYSH_O, 00610 AMB_LYSH_OXT 00611 } AMB_LYSH_atoms; 00612 00613 #define AMB_N_LYNH_SCH_ATOMS 14 00614 typedef enum { 00615 AMB_LYNH_N, 00616 AMB_LYNH_H, 00617 AMB_LYNH_CA, 00618 AMB_LYNH_HA, 00619 AMB_LYNH_CB, 00620 AMB_LYNH_2HB, 00621 AMB_LYNH_3HB, 00622 AMB_LYNH_CG, 00623 AMB_LYNH_2HG, 00624 AMB_LYNH_3HG, 00625 AMB_LYNH_CD, 00626 AMB_LYNH_2HD, 00627 AMB_LYNH_3HD, 00628 AMB_LYNH_CE, 00629 AMB_LYNH_2HE, 00630 AMB_LYNH_3HE, 00631 AMB_LYNH_NZ, 00632 AMB_LYNH_1HZ, 00633 AMB_LYNH_2HZ, 00634 AMB_LYNH_C, 00635 AMB_LYNH_O, 00636 AMB_LYNH_OXT 00637 } AMB_LYNH_atoms; 00638 00639 00640 #define AMB_N_METH_SCH_ATOMS 10 00641 typedef enum { 00642 AMB_METH_N, 00643 AMB_METH_H, 00644 AMB_METH_CA, 00645 AMB_METH_HA, 00646 AMB_METH_CB, 00647 AMB_METH_2HB, 00648 AMB_METH_3HB, 00649 AMB_METH_CG, 00650 AMB_METH_2HG, 00651 AMB_METH_3HG, 00652 AMB_METH_SD, 00653 AMB_METH_CE, 00654 AMB_METH_1HE, 00655 AMB_METH_2HE, 00656 AMB_METH_3HE, 00657 AMB_METH_C, 00658 AMB_METH_O, 00659 AMB_METH_OXT 00660 } AMB_METH_atoms; 00661 00662 00663 #define AMB_N_PHEH_SCH_ATOMS 13 00664 typedef enum { 00665 AMB_PHEH_N, 00666 AMB_PHEH_H, 00667 AMB_PHEH_CA, 00668 AMB_PHEH_HA, 00669 AMB_PHEH_CB, 00670 AMB_PHEH_2HB, 00671 AMB_PHEH_3HB, 00672 AMB_PHEH_CG, 00673 AMB_PHEH_CD1, 00674 AMB_PHEH_HD1, 00675 AMB_PHEH_CE1, 00676 AMB_PHEH_HE1, 00677 AMB_PHEH_CZ, 00678 AMB_PHEH_HZ, 00679 AMB_PHEH_CE2, 00680 AMB_PHEH_HE2, 00681 AMB_PHEH_CD2, 00682 AMB_PHEH_HD2, 00683 AMB_PHEH_C, 00684 AMB_PHEH_O, 00685 AMB_PHEH_OXT 00686 } AMB_PHEH_atoms; 00687 00688 00689 #define AMB_N_SERH_SCH_ATOMS 4 00690 typedef enum { 00691 AMB_SERH_N, 00692 AMB_SERH_H, 00693 AMB_SERH_CA, 00694 AMB_SERH_HA, 00695 AMB_SERH_CB, 00696 AMB_SERH_2HB, 00697 AMB_SERH_3HB, 00698 AMB_SERH_OG, 00699 AMB_SERH_HG, 00700 AMB_SERH_C, 00701 AMB_SERH_O, 00702 AMB_SERH_OXT 00703 } AMB_SERH_atoms; 00704 00705 00706 #define AMB_N_THRH_SCH_ATOMS 7 00707 typedef enum { 00708 AMB_THRH_N, 00709 AMB_THRH_H, 00710 AMB_THRH_CA, 00711 AMB_THRH_HA, 00712 AMB_THRH_CB, 00713 AMB_THRH_HB, 00714 AMB_THRH_CG2, 00715 AMB_THRH_1HG2, 00716 AMB_THRH_2HG2, 00717 AMB_THRH_3HG2, 00718 AMB_THRH_OG1, 00719 AMB_THRH_HG1, 00720 AMB_THRH_C, 00721 AMB_THRH_O, 00722 AMB_THRH_OXT 00723 } AMB_THRH_atoms; 00724 00725 00726 #define AMB_N_TRPH_SCH_ATOMS 17 00727 typedef enum { 00728 AMB_TRPH_N, 00729 AMB_TRPH_H, 00730 AMB_TRPH_CA, 00731 AMB_TRPH_HA, 00732 AMB_TRPH_CB, 00733 AMB_TRPH_2HB, 00734 AMB_TRPH_3HB, 00735 AMB_TRPH_CG, 00736 AMB_TRPH_CD1, 00737 AMB_TRPH_HD1, 00738 AMB_TRPH_NE1, 00739 AMB_TRPH_HE1, 00740 AMB_TRPH_CE2, 00741 AMB_TRPH_CZ2, 00742 AMB_TRPH_HZ2, 00743 AMB_TRPH_CH2, 00744 AMB_TRPH_HH2, 00745 AMB_TRPH_CZ3, 00746 AMB_TRPH_HZ3, 00747 AMB_TRPH_CE3, 00748 AMB_TRPH_HE3, 00749 AMB_TRPH_CD2, 00750 AMB_TRPH_C, 00751 AMB_TRPH_O, 00752 AMB_TRPH_OXT 00753 } AMB_TRPH_atoms; 00754 00755 00756 #define AMB_N_TYRH_SCH_ATOMS 14 00757 typedef enum { 00758 AMB_TYRH_N, 00759 AMB_TYRH_H, 00760 AMB_TYRH_CA, 00761 AMB_TYRH_HA, 00762 AMB_TYRH_CB, 00763 AMB_TYRH_2HB, 00764 AMB_TYRH_3HB, 00765 AMB_TYRH_CG, 00766 AMB_TYRH_CD1, 00767 AMB_TYRH_HD1, 00768 AMB_TYRH_CE1, 00769 AMB_TYRH_HE1, 00770 AMB_TYRH_CZ, 00771 AMB_TYRH_OH, 00772 AMB_TYRH_HH, 00773 AMB_TYRH_CE2, 00774 AMB_TYRH_HE2, 00775 AMB_TYRH_CD2, 00776 AMB_TYRH_HD2, 00777 AMB_TYRH_C, 00778 AMB_TYRH_O, 00779 AMB_TYRH_OXT 00780 } AMB_TYRH_atoms; 00781 00782 00783 #define AMB_N_VALH_SCH_ATOMS 9 00784 typedef enum { 00785 AMB_VALH_N, 00786 AMB_VALH_H, 00787 AMB_VALH_CA, 00788 AMB_VALH_HA, 00789 AMB_VALH_CB, 00790 AMB_VALH_HB, 00791 AMB_VALH_CG1, 00792 AMB_VALH_1HG1, 00793 AMB_VALH_2HG1, 00794 AMB_VALH_3HG1, 00795 AMB_VALH_CG2, 00796 AMB_VALH_1HG2, 00797 AMB_VALH_2HG2, 00798 AMB_VALH_3HG2, 00799 AMB_VALH_C, 00800 AMB_VALH_O, 00801 AMB_VALH_OXT 00802 } AMB_VALH_atoms; 00803 00804 #endif